1897年（光绪23年），英国在与清政府签订的《中英缅甸条约》中，迫使清政府开放广东的三水等地为通商口岸，并在三江汇合处——如今的三水市河口经济开发区，建立了“三水海关税务司公署”，俗称“三水关”，是当时广东的三大关之一，藉以征收过往船只税费；1925年，国民党政府也在同一地点上设置了“马口海关”，直到1949年才撤消。 1986年7月，佛山海关三水工作组成立，后来发展成为科级办事处。
1993年7月，乘三水撤县建市的东风，经国务院批准，中华人民共和国三水海关正式设立！同年10月16日正式挂牌,正式成立。
三水海关受广州海关直接领导，关区管辖范围包括佛山市三水区的9个镇（街道）。主要业务种类有：监管进出境运输车辆、来往港澳小型船舶、监管进出口货物、征收关税和其他税费，办理辖区内“三资”企业、保税仓库的注册登记、报关员的注册登记，加工贸易企业的合同备案、核销与执行中期的核查、稽查、查缉走私违法活动，编制海关统计等。
