吴江海关的前身－苏州海关驻吴江办事处成立于１９９４年１２月１６日，为副处级办事处。８年多来，办事处业务量在地方开放型经济持续快速发展的背景下增长了数十倍，人员机构稳步发展壮大，基层建设不断得到加强。目前，除海关本部外，还辖有吴江经济开发区直通式监管点和芦墟查验点，内设机构为一室五科。