1981年，国务院批准开通西安至香港航线，设立西安航空口岸，同时批准设立西安海关。1984年5月1日，西安海关正式开关。关区范围最初为陕甘宁青四省区，1989年9月调整为陕西省。西安海关是一个内陆海关，诞生于改革开放，又服务于改革开放，并在改革开放中不断发展、壮大。建关17年来，特别是进入二十世纪九十年代以来，随着陕西地区对外开放的不断扩大，西安海关的业务量、工作量迅速增长，机构人员也不断扩充。目前，西安海关共设13个处（室）、局，2个隶属海关（咸阳机场海关、宝鸡海关）和1个走私犯罪侦查分局，现有干部职工200多名，其中大专以上文化程度占96.4%。
近年来，西安海关不断强化把关、服务意识，调整充实一线监管力量，切实加强对进出境运输工具、货物和物品的监管。除加强对航空口岸进出境货物及旅客行李物品的监管外，还在西安火车东站专门建立了海关监管站。与铁路、港务部门联合，相继开通了西安至青岛、上海、天津和连云港的铁海联运，对通过铁路、公路运输进出境的集装箱及其货物实行集中查验，集中管理，保证了实际监管到位。
近几年来，西安海关把加强队伍建设摆到了重要位置来抓。关党组一班人在搞好自身建设的同时，坚持从严治关，带好队伍，先后开展了一系列教育整顿和专项治理活动。广大关员的把关意识、法治意识和正确的服务意识不断增强，依法行政和廉洁从政的自觉性显著增加。西安海关持续不断地开展精神文明建设和创建“文明窗口”活动，先后被评为全国口岸“结片结对精神文明先进单位”、陕西省省直机关“十佳”文明单位、省口岸系统共建精神文明先进集体，荣获了“西安市文明单位”和“陕西省文明机关”等荣誉称号。
