昆明海关的前身为蒙自海关，于1889年成立。1910年滇越铁路通车至云南府（昆明），蒙自关在云南府设立分关。1932年1月1日，蒙自关税务司移驻云南府分关办公，蒙自关仍保留总关名义。1942年2月4日，蒙自、腾越两关合并，成立昆明关。 近代中国海关人事制度的主要特点是：洋人居统治地位以及海关监督和外籍税务司之间的畸形关系。蒙自关（昆明关）历任税务司、代理税务司共33人，其中外国人有32人。各海关的其他重要职位，也基本上由洋员包揽。
中华人民共和国的建立，宣告了帝国主义在中国的特权彻底破产，结束了半殖民地海关的耻辱历史。云南解放后，1950年3月，对昆明关实行了军事接管。建立了中国共产党和人民政府对海关的领导。1951年，昆明关、腾冲关合并，称昆明关。1953年，省对外贸易管理局并入昆明关，称为“关局合并”。1956年，昆明关管理的对外贸易工作，划回云南省对外贸易局，昆明关改由外贸部和云南省双重领导。1961年，昆明关下放云南省领导，归口省对外贸易局。1980年，改革海关管理体制，昆明关升格为局级关，直属海关总署，实行垂直领导体制，改名为中华人民共和国昆明海关。
中华人民共和国海关是国家的进出境监督管理机关。其基本任务是，依照《中华人民共和国海关法》和其他有关法律、法规，监管进出境的运输工具、货物、行李物品、邮递物品和其他物品，征收关税和其他税费，查缉走私，并编制海关统计和办理其他海关业务。到2001年底，云南省有11个国家一级口岸，9个国家二级口岸及若干条通道。昆明海关设14个局处室，下设25个基层海关和办事处，这些基层海关和办事处分布在中缅、中越、中老边境，以及一些进出口业务相对集中的内陆地州。
进入新世纪以来，昆明海关坚持“依法行政，为国把关，服务经济，促进发展”的海关工作新方针，以“加强队伍建设，深化通关制度改革”为工作中心，从严治关。在进一步加强队伍建设和廉政建设的同时，顺利完成了通关制度改革和机构改革，并采取有效措施，加强货运监管、物流监控，强化税收工作，严厉打击各种走私违法犯罪活动，积极为云南省的对外贸易健康发展提供一个良好的环境。
