巴克图口岸区地势平坦，气侯冬暖夏凉，规划面积为1平方公里。1992年开工建设的联检厅及其配套设施已于1993年竣工。口岸现设有海关、边检、商检、动植物检、卫检、外币兑换等管理机构。靠近口岸的保税仓库和三个中型货场已建成使用，总仓储能力达120万吨。