２０世纪９０年代初，中国与东盟各国的关系得到了全面发展。１９９１年７月，钱其琛外长出席了第２４届东盟外长会议开幕式。这是我国首次同东盟组织进行正式接触。自此，中国外长每年都出席东盟外长会议的后续会议。

１９９４年７月，中国作为东盟磋商伙伴参加了在曼谷举行的首届东盟地区论坛会议，中国副总理兼外长钱其琛在会上阐述了中国对亚太地区安全问题的观点和立场，提出中国对亚太安全合作问题的五项原则。１９９５年４月，中国与东盟高级官员（副外长级）首次磋商会在杭州举行；１９９６年７月，在第２９届东盟常设委员会第六次会议上，东盟常委会一致同意将中国由过去的东盟磋商伙伴国升格为东盟全面对话伙伴国。１９９７年１２月，江泽民主席出席东盟—中、日、韩首脑非正式会议，并参加了首次东盟－中国领导人非正式会议。双方发表了《中华人民共和国与东盟国家首脑会晤联合声明》，确定了中国－东盟面向２１世纪睦邻互信伙伴关系的方向和指导原则。２００１年１１月，在文莱举行的第五次东盟与中国领导人（１０＋１）会议上，双方领导人达成共识，一致同意在１０年内建立中国－东盟自由贸易区，并授权经济部长和高官尽早启动自由贸易协定谈判。

２００２年１１月４日，中国和东盟领导人在柬埔寨首都金边签署了《中国与东盟全面经济合作框架协议》。这标志着中国－东盟建立自由贸易区的进程正式启动。２００３年４月２９日，中国－东盟领导人关于非典型肺炎特别会议在曼谷举行，温家宝总理出席会议。８月１９日，在福建省武夷山市举行的第９次中国－东盟高官磋商会上，中方正式递交了中国加入《东南亚友好合作条约》的加入书。２００３年１０月，中国在印尼巴厘岛举行的第７次东盟与中国（１０＋１）领导人会议上正式加入《东南亚友好合作条约》，并与东盟签署了宣布建立“面向和平与繁荣的战略伙伴关系”的联合宣言。