1、进口商在接到到货通知后，向海关的进口部提交报关单。海关进口部检查报关单的内容是否与海关的到货记录吻合。提交报关单的当日的税率为计算应征进口税的标准。对进入保税仓库的货物，实际清关日的税率为适用税率。

2、海关进口部在报关单上签字后，报关人将报关单交至海关审证部，同时附上发票、提单、进口许可证等有关单据。如有必要，亦需提供产品的说明材料。如所交单据足以证明进口货物的类别、价值等，审证官将在提单上签批，同时由助理税务官附签。

3、报关单交至许可证部进行有关记录与审核。

4、报关人随后持报关单去海关财政部缴纳进口税。纳税后，报关单正本留存财会部，其余副本及其它单据退回进口商以便去码头提货。

5、在码头，海关常驻查验官员将根据报关单检查货物是否无误，并在进口商向港务局缴纳保管费后，签发放行通知，放行货物。

以上的通关程序称为“第二查验程序”。适用于80％至90％的货物的通关。而对于那些仅凭有关报关单据无法分类或估价的货物，将采用另一种通关程序，亦称“第一查验程序”。采用该程序时，海关的调查评估员将直接通知码头对货物进行检验。验货后，报关单将返回至调查评估员以完成许可证记录及其它有关手续。 在进口商缴纳关税后，由海关的财会部签发放行通知。