中央货物税及关税局下属4个主要海关及7个海关专员办事处， 这些机构具体实施海关的各项职能。 其中4个主要海关设在孟买、加尔各答、马德拉斯和科钦，7个海关专员办事处分别设在孟买机场、德里、班加罗尔、果阿、新坎德拉、纳瓦希瓦和维萨格。另外，还有6个专门进行反走私工作的海关办事处，分别设在艾哈迈达巴德、孟买、加尔各答、帕特那、西龙和勒克瑙。

关税、货物税及黄金上诉法庭负责接受、处理对于海关命令的各种申诉。

1962年海关法和1975年海关税法是指导海关工作的最重要的法案。

1962年海关法是印度的主要法案之一，赋予了政府征收关税权利。法案共计17章，包括了海关官员职务、对非法进出口商品的稽查、征收、减免关税、进出口货物的清关、退税、对伪劣商品的惩罚等。