备案费收费标准为每件备案人民币800元（1999年11月前为每件人民币1000元）。申请人收到海关总署发出的备案费缴纳通知，应当通过银行将备案费转入海关总署的指定帐号。海关总署不接受申请人通过邮局汇付或以现金、支票等其他形式缴纳备案费。
申请人在备案有效期内申请备案续展或变更，不需另行缴费；申请人在备案失效后重新提出备案申请的，应按照规定的程序缴纳备案费。
知识产权备案一经核准，立即生效，不受申请人是否缴纳备案费影响。但是，如果申请人在海关总署的交费通知送达后长期未能缴纳备案费，海关总署有权注销备案。
