布隆迪海关的主要任务,由陆运、水运和空运进口的商品，首先要存入海关仓库，运入海关仓库的进口商品不交进口税。布隆迪海关法规定有两种海关仓库：公共海关仓库和特别海关仓库，商品入库七天后应交纳仓库保管费。特别海关仓库是财政部长允许设立的，只有部长同意的商品才能入库，要征收仓库转让税和保证金。 由陆路运输进口的货物在入境处必须申请担保货物通行证(P.A.C.)，这种制度同意商品不必在入口处海关报关而直接运到布琼布拉港海关报关。在布琼布拉港海关设有专门的停车场，每辆车每天须交纳12，000布法郎停车费。商品运抵停车场后应及时报关，接受海关的检查，按规定办理征税手续。海关在货运单据上(如提单、装箱单、运单)盖章放行。
由空运进口的货物可以直接存放在布琼布拉机场公共海关仓库，仓库由布琼布拉机场管理公司(SOBUGEA)经营管理。商品7天之内不交仓库保管费。
