宏观方面，我国的知识产权海关保护的意义体现在以下几个方面：（1）维护正常的进出口贸易秩序。海关通过知识产权边境保护，打击进出口侵权货物行为，防止利用侵权手段进行不正当竞争，维护进出口贸易秩序的正常化；（2）提高中国产品的国际形象。受假冒侵权货物的影响，在部分国家和地区，“中国制造”成了“假冒伪劣”的代名词，这严重破坏了中国的外贸形象。通过知识产权边境保护，以阻止侵权假冒货物流入国际市场，提高中国商品国际形象，提高中国商品的国际竞争力；（3）完善中国知识产权保护体系，改善国内投资环境。 微观方面，我国的知识产权海关保护的意义体现在以下几个方面：（1）制止正在发生的侵权。海关扣留进出口侵犯知识产权货物，造成侵权商品国际交易的中断，制止侵权商品进入流通渠道，避免或者减轻了知识产权权利人遭受的侵权损害；（2）防止将来发生的侵权。海关没收侵权货物、对进出口侵权货物的收发货人给予行政处罚以及将犯罪嫌疑人移送司法机关追究刑事责任等措施，加大侵权行为的违法成本，对故意生产、销售和进出口侵权货物的违法分子必然产生强大的惩戒和威慑力。同时也使一些因为缺乏法律知识和知识产权意识的企业和个人能够引以为戒，在今后的生产经营活动中自觉地尊重他人的知识产权；（3）为启动民事救济提供便利。通过海关查获进出口侵权货物，知识产权权利人可以获得对侵权人采取法律行动所必需的证据。
此外，人民法院和知识产权行政主管部门也可以通过海关了解当事人在进出口过程中的侵权状况，从而更加迅速和准确的处理侵权纠纷。
