（1）有效保护和便利贸易相结合的原则。首先，海关采取的保护知识产权措施应当做到及时、有效。对海关发现扣留的侵权嫌疑货物，经调查认定为侵权的，海关应当按照法定程序予以没收和处置，不应放任其继续流入商业渠道。但是，由于办理海关手续是国际贸易程序中的一个重要环节，海关在加强保护力度的同时，还要考虑减少对合法贸易的障碍，在便利合法贸易和维护进出口货物收发货人的合法权益方面应负的的责任。

所以，《条例》在赋予海关查处进出口侵权货物行为的权力和职责的同时，也为海关规定了十分严格的执法程序；在赋予知识产权权利人请求海关采取知识产权保护措施的权利同时，也从保护进出口货物收发货人合法权益的角度规定了知识产权权利人应当遵守的义务和承担的法律责任。

（2）主动保护和被动保护相结合的原则。所谓主动保护，是指海关履行国家进出境监督管理机关的职责，对进出口涉嫌侵犯知识产权货物的行为主动监控发现和依法查处；而被动保护，则指海关根据知识产权权利人提供的确切信息和申请发现侵权嫌疑货物并依法扣留。根据修订后《条例》的规定，海关实施主动保护，可以对侵权嫌疑货物及相关情况进行调查并对收发货人予以行政处罚；而海关实施被动保护，则只能扣留侵权嫌疑货物，由权利人依法提交司法机关处理，海关无权对货物和收发货人进行查处。