（1）强化了海关调查的权力和责任。根据修订前《条例》的规定，侵权嫌疑货物的收发货人向海关提出异议后，海关不再对货物是否构成侵权进行调查。这对海关打击进出口环节的假冒和盗版案件十分不利。修订后的《条例》则规定，无论收发货人是否向海关提出异议，海关都可以对货物的侵权状况进行调查处理（涉嫌专利侵权的另有规定）。

（2）降低了对权利人申请海关保护提交担保的要求。在《条例》修订前，知识产权权利人要求海关扣留侵权嫌疑货物，必须向海关提交相当于货物价值的担保金。这对经常遭受假冒和盗版侵害的权利人而言是一个十分沉重的经济负担。修订后的《条例》放宽了对担保的要求。规定今后海关在接受权利人申请时，可以根据货物的侵权状况决定收取不超过货物价值的担保金额，而且担保的方式不再限制只能是担保金一种方式，而是允许扩大到银行保函等其他方式。

（3）取消了强制备案的要求、延长了备案的有效期。根据修订后《条例》的规定，知识产权权利人请求海关扣留侵权嫌疑货物的，只需要向侵权嫌疑货物的进出境地海关提出申请，可以不再必须事先向海关总署办理知识产权海关保护备案。同时还规定，知识产权海关保护备案的有效期从7年延长到10年。

（4）解决了有关机关之间在处理侵权争议中的权力冲突问题。修订后的《条例》取消了在知识产权主管部门或者人民法院处理侵权争议期间海关仍然继续扣留货物以及货物由海关依据知识产权主管部门的处理决定或者人民法院的判决处理的规定。缩短了货物滞留口岸的时间，明确了法院司法管辖和海关行政处理的界限和衔接标准，减少了有关机关之间的权力冲突，更加便于人民法院审理案件。

（5）与世界贸易组织规则保持一致。根据世界贸易组织《与贸易有关的知识产权协议》的规定，海关应当允许收发货人和知识产权权利人查看海关扣留的货物，并且在货物被确定为侵权后应当将货物的有关情况通知权利人。所以，修订后的《条例》增加了知识产权权利人可以查看有关货物以及海关没收侵犯知识产权货物后应当将侵权货物的情况书面通知知识产权权利人的规定。

（6）限制反担保放行的适用范围。根据修订后《条例》，收发货人在向海关提供担保后申请放行侵权嫌疑货物的权利只能适用涉嫌侵犯专利权的货物。

（7）强化了海关对个人携带或者邮寄进出境的侵权物品的查处力度。