第一章“总则”，规定了海关对知识产权保护的范围、海关可以行使的权力、启动海关保护措施的条件、收发货人向海关申报货物知识产权状况的义务和对海关保守商业秘密的要求等。

第二章“知识产权的备案”，包括知识产权海关保护备案的申请书的内容、备案的有效期、备案的续展、变更和注销备案以及海关总署撤销备案等。

第三章“扣留侵权嫌疑货物的申请及其处理”，对知识产权海关保护措施的申请条件、海关扣留侵权嫌疑货物的程序、海关扣留货物的期限、海关对侵权嫌疑货物的调查和认定以及有关费用的负担等作出了规定。

第四章“法律责任”，对海关没收侵权货物和侵权物品、知识产权权利人承担申请不当的法律责任和对海关工作人员玩忽职守等行为的处罚等。