海关人员指出，虽然近几年海关在知识产权保护执法中取得一定成绩，但目前工作中还存在四大难点，也是目前知识产权保护存在的主要问题：自主知识产权权利人海关保护观念淡薄。目前深圳知识产权权利人申请知识产权海关保护备案的仅258件，占海关备案总数的4.5%；部分权利人随意变更许可人、代理人及联系方式等备案资料，但没有及时在海关总署办理变更手续，增加了海关的执法成本和难度；代理报关公司不规范。从案件查处情况看，相当一部分公司管理不善，对于业务员接单缺乏有效监督；一些企业下属子公司、分支机构比较多，业务人员素质参差不齐，加上公司管理机制不健全，存在买卖单证情况，影响到责任的追究。