货物入境后、货物所有人应向海关申报，填写进口货物报关单一式六份（留存一份、申报环节收二份、退三份给货主），附上进口合同或发票，先到主管保税仓库部门批注，同意进入保税仓库，并盖上“保税仓库货物”印戳，然后到申报环节报关，贸易方式应填写“保税仓库货物”，查难放行后，货物存入海关认定的保税仓库。并将货物的品名、数量、记入专帐。

如果保税仓库货物从异地口岸入境，货物所有人应向主管海关货管部门办理转关运输申请联系单，把货物转到所在地海关报关。

二、 保税仓库货物出库

1、从保税仓库提取货物用于进料加工生产成品复进口时，经营单位应按照办理进料加工程序办理。首先填写“保税仓库领料核准单”，并附上出口合同，经主管保税仓库的部门批准后，然后凭出口合同，保税仓库领料单（视同进口合同）到经贸部门办理合同备案批件。

2、凭经贸部门的合同备案批件、出口合同、领料核准单到海关加工贸易备案部门办理加工贸易合同备案手续，到指定的中国银行开设保证金台帐后，海关签发手册。

3、凭加工贸易登记手册、保税仓库货物领料单，到申报环节报关，贸易方式应填写“进料加工”，与第一次报关入库的贸易方式不一样，这次报关后，不用查验放行，直接从保税仓库领料用于生产环节。

三、 保税仓库货物的核销

保税仓库货物应按月向主管海关办理核销。经营单位于每月初五日前将上月所发生的保税仓库货物入库、出库、结存等情况列表报海关。并附经海关签放行章的进口报关单，及相应的发票，领料核准单及出库报关单，经核实无误后予以核销。并在一份报表上加盖“保税货物核销章”认可，退回经营单位留存。

四、 加工贸易手册核销