《安排》的内容包括货物贸易自由化、服务贸易自由化和贸易投资便利化。
货物贸易方面，内地于2004年1月1日起分别对原产于香港、澳门的273个税号的产品实行零关税，并不迟于2006年1月1日，对273种以外的港、澳产原产产品实行零关税。内地于2004年1月1日起取消对港、澳产品的非关税措施和关税配额。双方彼此之间不采用反倾销和反补贴措施。
服务贸易方面，内地向香港、澳门进一步开放管理咨询、会议展览、广告、会计、法律、医疗及牙医、物流、货代、仓储、分销、运输、旅游、建筑、视听、电信、银行、保险、证券等18个服务行业，分别对部分行业采取以下开放措施：提前实施中国对世贸组织成员的开放承诺，取消投资的股权限制，允许独资经营；降低最低注册资本、资质条件的要求；放宽地域和经营范围限制。
贸易投资便利化方面，内地与香港、澳门就7个领域（贸易投资促进，通关便利化，中小企业合作，中医药产业合作，电子商务，法律法规透明度，商品检验检疫、食品安全及质量标准）的合作机制和合作内容达成了协议。同时内地与香港、澳门还确定了金融和旅游领域的合作内容，鼓励专业人员资格的相互承认。
