同时，考虑到澳门与香港经济的差异，内地与澳门的《安排》在部分领域按照澳门的实际情况做了不同的规定。例如，在货物贸易中，澳门第一批实行零关税的273中产品中有150种与香港不同；澳门的原产货物除直接运输到内地外，可经香港转运。而香港的《安排》规定，香港的原产货物必须直接运输内地。在服务贸易领域，法律服务、医疗服务、证券服务、运输服务的有关内容也根据澳门的实际情况，有针对性地作了调整。