近年来，拉萨海关加大稽查力度，严厉打击走私违法活动，取得明显成效。
2003年至2007年9月，拉萨海关依法对48家单位减免税进口的涉税额大的汽车、电信设备、医疗设备、饮料生产设备列为重点展开稽查，共计稽查46次，稽核减免税物资货值总计人民币1500万元，减免关税款约1200万元，减免增值税400多万元。5年来审批注册企业231家，评定A类企业2家，B类企业225家，C类企业2家，D类企业2家。按照海关对报关员计分考核管理办法，依托报关员IC卡管理系统对关区注册的33名报关员进行记分考核。通过稽查，进一步完善了企业的内控机制。
根据西藏走私活动的特点，拉萨海关始终将打私重点放在非贸易渠道上，以情报工作为先导，贯彻“联合缉私，统一处理，综合治理”的缉私方针和“打防结合，以防为主”的调查工作方针，与有关部门密切配合，加大了对非贸渠道和边境地区走私活动的打击力度。同时密切注视贸易渠道，开展了专项稽查和常规稽查。经过努力，5年来，缉私局共查获各类案件204起，案值约9千多万元，共抓获犯罪嫌疑人35人。其中包括建国以来查获的最大一宗珍贵动物制品走私案“10·10”案件。查获虎皮、豹皮、水獭皮、犀牛角等珍贵动物皮毛及其制品1922件，毒品大麻脂194.4公斤，海洛因31727.5克，仿制式手枪60支，子弹60发，国家管制类精神药品盐酸丁丙诺啡300支，文物21件，黄金424.4公斤，汽车11台。查获刑事案件8起，案值302.25万元，抓获犯罪嫌疑人12人；走私行为案件13起，案值38.62万元；违规案件11起，案值100.28万元；查获非军用枪支10支，毒品海洛因64.5克，虎皮3张，豹皮17张，石斛草4105公斤(珍稀植物及制品)，淫秽光盘9950张，红木9.3吨。2006年11月11日，机场口岸首次查获毒品海洛因900克，实现了航空口岸查获毒品零的突破。
