2005年11月，乌鲁木齐海关率先与天津海关正式启动区域通关作业改革，截至目前，先后参与了环渤海、陇海兰新铁路沿线的跨关区区域通关改革，乌鲁木齐海关现场业务处、乌鲁木齐机场海关、库尔勒办事处、阿拉山口海关与上海海关、广州海关、天津海关、西安海关、北京首都机场、南昌海关等启动了区域通关“属地报关、口岸验放”通关作业。

　　2006年，乌鲁木齐关区共受理区域通关进出口报关单134份，货运量3884吨，贸易值2600万美元，征收税款1449万元。2007年1月至9月，关区受理区域通关进口报关单300余份，货运量10707吨、贸易值约3亿美元，征收关税1．3亿元。