该局为适应“大通关、大经贸、大口岸”，进一步拓展和深化连云港口岸电讯检疫和检疫监督的内涵，对口岸出入境船舶的检验检疫，全面实施“电子报检与电子审核检疫管理系统”。该系统的实施，大大缩短了国际航行船舶在港逗留时间，每年可直接为国际航行船舶及其船舶代理单位节省费用500多万元。

　　积极快速地帮助外贸企业更好地利用普惠制，提高出口商品的竞争力。实行急事急办、特事特办，为企业排忧解难。加大出口企业的分类管理力度，实行信誉等级管理制，增强企业的质量意识，确保出口产品质量。

　　对进出连云港口岸的国际船舶实施电讯检疫，集装箱班轮在无重大疫情情况下和凡已通过电讯检疫的国际航行船舶，可直接靠泊作业，不受检验检疫影响。对确许到锚地检疫或其他指定地点接受检疫查验的船舶，及时派人前往实施检疫查验。

　　该局积极参与江苏电子口岸建设，主动加强与地方政府、海关、边防、港务等部门的合作，共同推进电子口岸建设，进一步提高执法监管效率，加快查验出证速度，方便报检通关，减轻企业负担。今年以来，连云港检验检疫局将口岸查验业务全部纳入“绿色通道”，专门开设验证窗口，确保货主换单随到随签，在确保质量的前提下，进一步简化手续，减少环节，缩短流程，方便外贸。

　　为了实现亚欧大陆桥东西桥头堡货物快捷通关，2006年9月，连云港检验检疫局与新疆检验检疫局签订了“检检”合作协议，建立产地与口岸检验合作机制，进一步方便出口企业，确保出口货物安全卫生质量，促进了地方经济发展和经贸发展，实现了新欧亚大陆桥东西桥头堡快捷通关模式。