随着深圳加工贸易参与国际分工业务的链条不断延长，其产品结构正从以加工出口劳动密集型工业品为主向以资本与技术密集型高新技术产品为主转变，“自主创新”在我市加工贸易转型升级过程中起到了难以替代的作用。随着国际市场竞争的日益激烈，加工贸易转型升级及保税贸易的扩大发展成为提升深圳经济总量和竞争力的关键。

根据新的经济形势，深圳海关采取了一系列措施积极促进深圳加工贸易企业转型升级。2001年1月，深圳海关在深圳富士康保税工厂试行“联网监管”模式，由此拉开了促进加工贸易企业转型升级改革的序幕。这是全国首例对保税工厂试行全新的“联网监管”，实现了海关对加工贸易进口保税货物的全程有效监管，取得了良好的成效。

随后，深圳海关陆续推出多项改革举措，促进加工贸易健康发展。按照加工贸易转型升级的要求，深圳海关从加快改革和加强基础性工作两方面入手，积极研究加工贸易监管“流程再造”，与地方政府有关部门试点推广了加工贸易综合管理信息平台，提高加工贸易管理信息化水平。2003年11月，海关总署与深圳市政府在深圳签署了关于建设深圳电子口岸的合作备忘录，标志着深圳统一的物流电子“大通关”平台建设的顺利实施。按照“集中统一、安全可靠、简便高效”的原则，双方共同推进口岸电子政务、电子商务、电子执法系统，建设深圳电子口岸。双方还利用中国电子口岸现有资源，建设深圳电子口岸虚拟平台，将深圳有关进出口贸易及物流的数据信息整合到该平台中，形成具有深圳特色的电子口岸。深圳海关在加工贸易联网系统的基础上，成立了电子口岸数据分中心，推出了便捷通关、联网报关、网上支付、上门验放、担保放行等多项优惠措施，大大提高了通关效率，方便了企业生产经营。与此同时，盐田港保税物流园区启动运作后，成为全国业务量发展最快的保税物流园区之一；福田保税区海关监管模式改革的全面启动，也有效地促进了保税区业务的发展。