据海关总署统计，2006年，通过长三角口岸的进出口贸易达7147亿美元，比上一年增长24．3％，约占全国外贸总额的41％，其中，641亿美元左右的进出口来自长三角以外的其他省区市；上海、南京、杭州、宁波海关完成税收2458亿元，比上一年增长11．4％，占全国海关税收总额的40．3％。

　　据上海海关关长孙毅彪介绍，面对业务量的快速增长，长三角地区海关从2005年11月起启动区域通关改革，加快建设物流电子信息平台，对守法的外贸企业试行跨关区“属地申报、口岸验放”的通关模式，将从前跨关区通关“两次申报、两次放行”改为“一次申报、一次放行”，降低了物流运作成本，提升了长三角的综合竞争力。

　　自2006年以来，仅杭州海关就已审核放行“属地申报、口岸验放”通关模式下的进出口报关单2400份，涉及货运量88万吨、3万多个集装箱，征收关税及代征税超过12亿元。

　　根据浙江125家试点企业的反馈，海关“一次申报，一次查验”作业改革使试点企业的平均通关效率比过去提高40％，物流成本下降20％。

　　长三角地区有8个沿海主要港口、26个内河规模以上港口。上海洋山深水港一期工程2005年底正式建成开港后，海关积极发挥其中转枢纽功能，简化手续支持转关运输，通过实施长江沿岸至洋山的江海联运海关监管模式，有效联通了洋山保税港区与长三角各港口间的物流链，进一步提升了整个长三角港口群的通行能力。