广州白云机场海关近两年积极推进区域通关改革和区域海关合作，努力打造区域通关品牌，进一步增强机场空港的龙头作用带动物流发展，促进货物跨省区、跨关区快速流动。目前，该关已与泛珠9省15个直属海关实行了“多点报关，机场验放”通关模式；与海口、南昌、南宁、成都、贵阳、厦门、昆明、福州、长沙、拱北、江门、深圳、黄埔等直属海关实行了“属地申报，口岸验放”模式。2006年至2007年3月，白云机场海关办理跨关区“属地申报，口岸验放”货物488票，货值3460万美元。
据了解，“属地申报，口岸验放”是指符合海关规定条件的A类企业，在其货物进出口时，可以自主选择向其属地海关申报，并在货物实际进出境地的口岸海关（白云机场海关）办理货物验放手续的一种通关方式。该模式可实现“当天申报、当天验放”，对无需查验的货物，通关时间仅为30分钟；而采用传统的通关模式，一般需要1至1.5个工作日。企业选择“属地申报、口岸验放”新通关方式，不仅减少了来往属地海关与口岸海关之间的奔波之苦，还减少了转关环节手续，节约了通关时间和通关成本，提高了跨关区物流运转效率。
白云机场海关以“通得快，管得住”为目标，大力提升海关监管库区的运作效能，理顺库区内转关等作业流程，搭建新的运行机制和监管模式，促进国际航空物流的快速健康发展。2006年3月28日新快件中心启用后，该关及时出台了《广州白云机场海关关于快件中心车辆、货物和物品进出海关监管库区管理办法（暂行）》、《快件航空货物管理办法》等，开通了出口航空快件直航业务，既保证快件货物流转顺畅，又保证了库区原有业务的有序进行，空运快件业务量增长了2倍。
此外，该关还推动“卡车航班”、空陆空联运业务的进一步发展，现已开通“卡车航班”和“空陆联运”线路20条，充分发挥香港、澳门与泛珠9省区经贸合作的桥梁纽带作用，为促进泛珠三角区域大物流的发展发挥了作用。
