自2005年12月10日洋山深水港（一期）开港、洋山保税港区正式启用一年以来，洋山海关共监管进出口货物达421.8亿美元，受理进出口报关单115.91万票，进出口中转5.19万批，进出口转关货物2.21万票，监管进出境国际航行船舶 2005 艘次，监管进出口集装箱逾326.87万标箱、国际中转集装箱近3.14万标箱。
鉴于洋山保税港区是一个全新的现代化港口这一特点，为了有效提高海关的管理效能，促进洋山保税港区集聚政策和主体功能的发挥，洋山海关依托现代信息技术手段，针对不同区域的货物采取卡口分道、货物分流、区域分设、程序分列的管理方法，实行“一线放开、二线管住、区内自由”的封闭化、信息化、集约化的监管模式。
洋山海关优化出口“先报关后进港”的通关模式，减少了货物在陆地和港口间的往返，并参照国际自由港、自由贸易区的先进管理理念和管理模式，将洋山保税港区中的港口作业、保税加工、保税物流三个功能区作为一个有机整体进行监管，按照“一体化”管理要求简化进出境备案手续，通过信息交互手段，创新保税港区海关监管模式，积极推动启运港退税在洋山保税港区实施。
