上海海关积极发挥区位优势，增强口岸辐射作用。目前，异地企业通过上海口岸的进出口贸易额已占口岸外贸总额的半壁江山。 “365天，天天能通关”。早在2001年，上海海关就与检验检疫、港务、船代、空运代理、货代、仓储等单位建立了联系配合机制，实施对企业“一站式”服务的“大通关”系统工程。2003年10月1日起，上海海关在全国海关系统率先实行“5＋2天”通关工作制，从此，上海成了“无休港”，为全国各地企业提供高效、便捷的全天候通关服务。
2004年10月，海关总署和上海市政府签署了共同建设上海电子口岸的合作备忘录，上海电子口岸平台正式运行。目前，上海电子口岸上线运行项目达56个，其中海关类项目约占50%，用户数量已达4.5万家，遍集全国各省市，其中异地企业近3万家，西部12省市用户826家，科技手段的运用进一步提高了通关效率。
2004年11月，上海海关制定并实施了《上海海关支持转关运输6项措施》，从去年开始，上海海关积极协助成都关区实施“多点报关、泸州验放、上海出口”转关作业新模式试点。同时，重点支持江苏、浙江、安徽、湖北、湖南、江西等省实施便捷转关监管措施，进一步提高转关运输效率。今年前9个月，上海海关办理进口转关运输货物34.14万批，货值584亿美元，涉税183.2亿元，其中，办理西部企业进口转关货物价值38亿美元，较去年同期增长37.7%，涉及税款28.6亿元，同比增长28.8%。
2005年11月，在海关总署的统一部署下，上海海关与地处长三角的南京、杭州、宁波3个直属海关启动了区域通关改革试点。今年9月起，上海海关发挥长江沿线牵头海关的作用，与长江沿线重庆、成都等9个兄弟海关共同制定并签署了《长江流域区域通关改革联系配合办法》和《长江流域区域通关改革操作细则》，把改革范围扩大至跨越东、中、西部的10个关区，覆盖上海、江苏、浙江、安徽、江西、湖南、湖北、四川、重庆八省一市。
上海海关还主动参与长江“黄金水道”开发，加快建设东西物流大通道。该关实施了长江沿岸至洋山江海联运海关监管模式，有效解决长江水道与洋山深水港之间的水运线路断点问题。积极开展长江水道内外贸集装箱货物同船运输试点，先后有7家船公司的144艘船舶开展试点业务，3家船公司的96艘船舶开展国轮捎带转关货物运输业务试点，有效拓展了长江水道外贸货物的运输量。同时，上海海关以区域通关改革、技术协作、文化共建等为载体，建立健全关际间协作配合机制。作为拉萨关区的对口支援海关，上海海关自1996年起连续选派4批共7名优秀处、科级干部支援拉萨海关建设，并为拉萨、兰州、呼和浩特等西部海关派员来该关考察学习、挂职锻炼提供良好条件。
上海海关负责人表示，为了更好地发挥上海口岸的辐射功能，支持西部，服务全国，近期上海海关将重点做好以下几项工作：一是进一步提高上海口岸通行能力，增强口岸服务西部、辐射全国的功能。以配合洋山保税港区分期开发和浦东国际机场二期航站楼的建设为切入点，大力支持上海国际航运中心建设。创新和完善洋山保税港区“水水转运”海关监管作业模式，推动启运港退税政策的落实。二是采取“梯次推进、点片辐射、区域一体”策略，进一步推进长江流域通关改革。探索以武汉、重庆等主要转运港口为枢纽，辐射中南和西部地区，将到达上海口岸的内陆进出口货物，通过长江“黄金水道”的阶梯状、逐层次分流，解决物流运输瓶颈，缓解口岸通关压力。建立“长江流域合作区”，在合作区内信息共享、执法统一的前提下，优化口岸海关与内陆海关业务分工和资源配置，承东启西，使整个长江流域成为一个经济合作区域整体。三是启动中国电子口岸全国数据备份中心建设，改造核心网络系统，强化口岸电子通关的功能。推进与各口岸管理单位、港务部门和企业间的电子联网，加快实施“电子提货单”、“远程打印电子签章场站收据”等联网项目，扩大信息共享的对象和范围。四是全面落实海关支持西部大开发的各项政策，支持“西气东输”、西藏地区通讯基础设施等重大工程项目建设。为西部重大支柱产业和重点投资项目提供便捷通关措施，促进西部特色产业发展。
