新组建的霍尔果斯海关缉私分局隶属于乌鲁木齐海关缉私局，其前身为伊宁海关缉私分局。根据海关总署批复，伊宁海关缉私分局于2005年12月25日正式更名为霍尔果斯海关缉私分局，其隶属关系、业务管辖范围、机构级别、领导职数和人员编制等保持不变。

根据反走私斗争的需要，经海关总署批准，伊宁海关缉私分局正式更名为霍尔果斯海关缉私分局。伊宁海关缉私分局成立6年来，在总关缉私局党组和霍尔果斯海关党组的正确领导下，认真贯彻海关工作方针，坚持政治建警、从严治警，充分发挥职能作用，显示了缉私警察刑事、行政执法的威力，在反走私斗争中作出了突出的贡献。