新系统由“船舶和船员分类管理系统”、“舱单提前申报系统”和“全球卫星定位系统（GPS）”三大核心模块组成，把来往港澳的小型船舶整个航行过程都纳入海关的监控之下，经海关风险分析后，符合条件的小型船舶根据指令可以直航，既节约了办理通关手续的时间，也提高了海关监控效能。有船方反映，驾驶小船从中山神湾港前往香港，以前需要8－9个小时，应用“GPS快通系统”后，企业直航仅需要6小时，比启用系统以前缩短了近3个小时。记者在湾仔中途监管现场看到，安装了GPS卫星定位仪的所有船舶，无论是在境内或境外，其位置一目了然。如果出现船舶偏离航道等异常情况，系统会自动报警，海关的检查船立即按指令到达目标位置，对可疑船只进行检查。发现有走私嫌疑的，立即移交海关缉私警察处理。