按照《办法》，两地关区货物进行联运，货物按提前报关方式办理手续，海关按计算机自动生成的数据快速办理审单、查验、放行、转关、核销等手续，并明确办理转关运输工具核销手续为三天，对于铜矿砂、铁矿砂等大宗散货，在进境地厦门海关采取“一票提单”整体转关。
2004年8月，厦门与南昌签署了“关于南昌与厦门开展水铁联运合作意向书”，之后两地铁路、水运等部门明确了营运主体、货源和运力组织、港口集疏运、货运网络建设、费率优惠政策等，改善口岸通关环境，为启动海铁联运作了充分准备。
