上海海关开发运行了国内货物进出区、区间货物调拨和区内货物调拨等信息化管理子系统，使进出区货物的通关时间由原先的2-3天降至目前的2—3小时，区内货物调拨仅需半小时。
上海出入境检验检疫局大力推行“电子报检”和“直通式报检”，提供“一门式”服务，使企业能在区内一次完成申报、报检、检验检疫、签证通关等手续。
市外经贸委采取措施积极引导通关要求高、以出口为主的下游企业迁入加工区或将增资扩建项目放入加工区；协调海关等单位拓展区域功能，探索深加工结转试点、区内外联动试点，以及区域间联动管理，将产业链延长。市信息委重点推进出口加工区管理信息平台建设，其中统一物流联网监管平台已投入运行。
