目前，长江上游航运条件明显改善、进出口外贸快速增长。为充分发挥中转地海关桥梁作用，重庆海关加强与口岸海关的协作配合，建立了“转关运输快速合作机制”和“内陆转关电子数据传输平台”，并加强与贵阳海关、成都海关下属机构等二次转关海关的联系配合，协商签订了《内陆转关协议》，以此保证重庆港二次转关的健康、快速发展。

同时，面对二次转关货运量增长带来的重庆物流高速增长状况，重庆海关从水运现场通关压力大的实际情况出发，改革查验机制，将查验工作“前置后移”，提高了查验速度和质量、降低了企业查验成本。

在重庆海关的大力扶持下，重庆港区位优势影响力进一步扩大，长江上游水运呈现着崭新的格局。经统计，2005年1-11月，重庆水运现场的进口查验率10%，查获率为11.34%；出口查验率在4%左右，查获率为3.38%，实现了水运口岸的高效率、高效能通关。

此外，今年以来，重庆海关转关效率近30%，平均缩短企业出口退税办理时间7-10天，并有效缓解重庆港周末货运压力，加快港口进出口货物转运速度，重庆本地企业在本地报关、清关率也相应增长36.1%。