在东亚运动会举办期间，横琴海关在１０月２７日到１１月７日晚上口岸关闭期间，实行２４小时预约通关，为运动会期间特殊车辆和人员的紧急进出开辟通关专道。该关的相关人员２４小时保持联系畅通，运动会期间每天晚上８时横琴口岸正常关闭后，仍然随时待命，为需要紧急进出横琴口岸的东亚运动会车辆人员提供特殊的通关便利。此外，横琴海关制定了运动会期间紧急医疗和消防救援工作应急预案，确保届时消防救援物资的顺利进出境，并与口岸其他联检单位一同为运动会提供特殊通关保障。