据了解，马尾口岸对台小额贸易仅单方面有进口而无出口，2002年刚开通时进口货物的量值都较小，进口的商品也主要是台资企业急用的少量生产设备零配件、生产资料以及台商个人所需的生活用品等。2003年全年，马尾海关监管的对台小额贸易船舶仅有74艘次，进口货物515吨，货值137万美元。随着两岸经贸往来的密切和繁荣，马尾口岸对台小额贸易业务也随之快速发展起来，台资企业进口用于维修的设备配套件和机器零配件也越来越多，通常每批进口的货物多达几十甚至上百种。但问题也随之显现出来，由于对台小额贸易进口的商品主要为翻新件，既无商品品牌、规格与型号，也无商品说明书，品种杂乱且数量不明确，不仅给海关监管造成很大困难，也影响了货物的通关速度。

为了解决这一“瓶颈”，2003年7月，马尾海关在马尾港对台小额贸易监管点设立了专门的对台小额贸易监管科，实行“集中、定点、分类”的规范管理，同时，该关还结合对台小额贸易进口台货散、杂、多等特点，细化业务操作规程，规范海关监管程序，并推出了申报、查验、放行“一条龙”服务，此举不仅大大提高了货物通关的效率，还降低了海关监管的风险，为对台小额贸易创造了良好的通关环境。2004年，马尾海关共监管对台小额贸易船舶398艘次，比2003年增长4倍，进口货物4576吨，增长8倍，货值827万美元，增长5 倍；今年，马尾口岸对台小额贸易依旧保持了快速增长的势头，截至7月底，马尾海关已累计监管对台小额贸易船舶407艘次，比2004年同期翻一番，进口货物7996吨、货值1131 万美元，也均比2004年同期翻两番。

据马尾海关对台小额贸易监管科介绍，马尾口岸对台小额贸易业务量之所以能够持续激增，主要得益于三个方面：一是近年来国家对发展闽台经贸合作的强有力支持；二是通过“马祖——马尾”直航航线进口货物比转道香港省时、省力、省费，国内一些急需台湾原配件的厂商非常乐意通过该渠道进口货物；三是近年来马尾口岸“开正门、堵邪门”，海关、边防、检疫等口岸部门一方面不断优化通关环境，提高通关效率，另一方面加大打击海上台货走私的力度，使走私分子日渐无机可乘、无利可图，双管齐下促使对台小额贸易进口正常化、规范化。

目前，随着马尾口岸对台小额贸易的快速发展，越来越多的有识之士看到了对台小额贸易发展的广阔前景。过去，马尾关区虽有8家企业拥有对台小额贸易经营权，但实际注册备案并开展对台小额贸易业务的只有福建天顺贸易公司和福建海峡贸易公司两家。现在，随着对台小额贸易明显的经济效益和良好的发展前景逐渐显现，其他几家企业也纷纷开始积极着手开展此项业务。