1994年税制改革至2003年，我国由中央财政承担全部退税支出；而出口退税最终促进增长的税种是增值税、营业税、所得税，没有一种是中央独占税种。出口退税的受益者和成本承担者不统一，一方面直接加重了中央财政负担；另一方面，又激励了地方政府纵容本地企业骗税。地方政府纵容企业骗税，不仅进一步加重了中央财政退税的负担，而且降低了政府部门反骗税的效率，进而恶化了企业退税难问题。

　　为了遏制出口退税支出无限增长，我国实行了预先制定出口退税计划的办法，从而陷入了两难选择：政府事先不可能预知当年出口和出口退税的数额，退税指标定低了，出口增长形势好于预期，退税难的矛盾就会突出；退税指标定高了，出口增长形势不如预期，又可能激励地方政府和企业合谋从中央财政骗取退税，造成“道德风险”问题。

　　在旧出口退税制度因中央财政无力承担而难于为继之后，我国实行了中央和地方按增值税分享比例（75∶25）分担退税支出的办法，但这种办法固然消除了中央政府和地方政府之间的受益和成本承担分离矛盾，却造成了地方政府之间的受益和成本承担分离矛盾。因为当初征收增值税的是厂商所在地政府，最终退税的却是出口商所在地政府，厂商和出口商可能同处一地，也可能分处异地，在后一种情况下，就会形成出口商所在地向厂商所在地的财政转移支付。出口商所在地政府为了消除这种额外的负担，通常会采取限制出口、鼓励加工贸易而限制一般贸易、停止退税、限制出口企业采购外地货物等措施，这些措施要么限制了企业的增长潜力，要么妨碍提高出口效益，要么造成国内市场分割，都存在消极后果。

　　此次微调之后的出口退税制度在一定程度上回到了2004年之前的旧出口退税制度，可想而知，旧出口退税制度下的某些弊端也会因此重新露头。要根除这些弊端，选择有二，选择之一是改增值税为销售税/消费税，因为出口商品没有在国内消费，因此未曾征税，也就无需退税了。但这种改革要求我们税收监管部门能够有效监控全国千百万商家发生的销售/消费行为，但在我国至少短时期内还不可能指望做到这一点，贸然推行这种改革必然导致政府税收大量流失，更不用说增值税比销售税/消费税还有其他好处了。因此，比较现实的选择是将增值税改为中央税种，相应由中央财政承担全部出口退税支出，这样可以彻底消除受益者和成本承担者分离问题。也许，这是未来出口退税制度进一步调整的方向。