克罗地亚于2000年1月1日开始实施新的《关税法》，其基本特征为：商品进口纳税自由化；简便征税过程；进一步降低进口商品平均关税；降低关税税率；减少关税优惠。在海关审理过程中使用符合欧盟标准的统一的报关单。克罗地亚《关税法》规定，将以公共或私人仓库代替原先的寄售仓库，在进口商找到买主之前可免税将商品无限期地保存在这些仓库里。 根据世贸组织规定，克罗地亚调整了《关税税率法》，作为世贸组织成员，克罗地亚承担了逐步降低关税保护程度的义务。对于工业产品，克罗地亚将在过渡期内（从2000 年最长至2005 年）每年以相等的比例降低关税。过渡期结束后，克罗地亚敏感工业品(纺织品、钢铁制品等)的平均关税将降至5%。
农产品和食品的关税，在过渡期结束后（2007 年）将降至16%。而某些农产品的最高关税将根据进口比例和数量确定；对季节性较强的产品，其关税将提前根据进口数量确定，以便进口商预先了解关税情况。
克罗地亚政府每年11月份根据克向世贸组织承担的减税义务确定下一年的关税税率。
2000年克罗地亚工业产品的平均关税水平为6.6%，2001年降为6.2%，2002年降为3.5%。原材料的税率低于制成品的税率，其中超过25%的商品的税率为0，税率水平最高的为石油产品、纺织品等敏感工业品(约占总商品的4.8%)，该类商品近两年降幅相对较小，2000年该类产品的关税税率为20%，2003年降为16.4%-18%。2001年克农产品和食品的关税为 24.3%，2002年为20%。同时，根据世贸组织成员的要求，克罗地亚对某些农产品和食品，如牛肉、猪肉、小麦、糖、巧克力对世贸组织成员国实行定量的优惠关税进口配额，在配额数量内产品的进口关税将大大低于克罗地亚向世贸组织承担的减税义务。
克《关税税率法》中确定的关税，适用于从以下国家商品的进口：
(一) 世贸组织成员国；
(二) 与克签有贸易最惠国待遇协议的国家；
(三) 对进口克罗地亚产品实行同等待遇的国家。
与克签有自由贸易协定的国家(包括欧盟)将按双边协定享受更加优惠的税率。
对在生产过程中使用了克罗地亚生产的部件的设备、机械、汽车及其零部件的进口，克罗地亚政府将对其实行低关税或减免关税。根据联合国贸发会议的精神，克罗地亚将对来自落后发展中国家的产品以及用于排雷的机械、设备实行进口低关税或减免进口关税。
对从上述国家以外的其他国家进口的产品，克罗地亚政府可将关税税率定为50%。
