电子通关申报系统允许报关行可以通过软盘或电子邮件方式向海关提交进口申报，海关也以同样方式确认收到申报信息，并指明申报资料接受与否。对于被驳回的申报，报关行可从海关该系统上下载其有差错的资料，经修改后再反馈回海关。申报将经过两次自动核查。为此，报关行的计算机系统必须与海关该系统联网。