决议完全由合议作出，每一成员享有一票，虽然也存在多票表决的可能，但这在WTO从没用过，且在它的前身GATT里更是少见。WTO的协议都经过所有成员国国会的认可。

　WTO的最高决策机构是部长会议，至少每两年举行一次。它的下面是总理事会（通常由各国驻日内瓦大使和高级代表组成，但有时成员国直接从其首都派出代表），每年在日内瓦总部碰头几次。总理事会还可作为贸易政策审议和贸易争端解决机构。

　在它下面是货物贸易理事会、服务贸易理事会和知识产权理事会，都直接对它负责。

　其次还有许多的专门委员会和工作小组，主要是处理单个协议和其它领域的事宜，如环境、发展、成员资格申请和区域贸易协定等。

1996年在新加坡召开的第一次部长会议给这一结构添加了三个工作组，他们主要处理贸易与投资关系、贸易与竞争政策相互作用以及政府采购透明化方面的问题。

　1998年于日内瓦召开的第二次部长会议决定，WTO现有的理事会和委员会也应研究电子商务领域的问题。

　秘书处：

　设在日内瓦的WTO秘书处拥有大约500名工作人员，由总干事领导。它在日内瓦之外的其它地方不设分支机构。由于决策是由成员本身作出，秘书处并不具有像其它国际组织里授予的决策权力。

　秘书处的主要职责是给部长会议和各理事会和委员会提供技术性支持，并为发展中国家提供技术援助，分析世界贸易形势以及向公众和媒体解释WTO的活动。