1﹛進口商在接到到貨通知后，向海關的進口部提交報關單﹛海關進口部檢查報關單的內容是否与海關的到貨記錄吻合﹛提交報關單的當日的稅率為計算應征進口稅的標准﹛對進入保稅倉庫的貨物，實際清關日的稅率為适用稅率﹛

2﹛海關進口部在報關單上簽字后，報關人將報關單交至海關審証部，同時附上發票﹛提單﹛進口許可証等有關單据﹛如有必要，亦需提供產品的說明材料﹛如所交單据足以証明進口貨物的類別﹛价值等，審証官將在提單上簽批，同時由助理稅務官附簽﹛

3﹛報關單交至許可証部進行有關記錄与審核﹛

4﹛報關人隨后持報關單去海關財政部繳納進口稅﹛納稅后，報關單正本留存財會部，其余副本及其它單据退回進口商以便去碼頭提貨﹛

5﹛在碼頭，海關常駐查驗官員將根据報關單檢查貨物是否無誤，并在進口商向港務局繳納保管費后，簽發放行通知，放行貨物﹛

以上的通關程序稱為﹛第二查驗程序﹛﹛适用于80％至90％的貨物的通關﹛而對于那些僅憑有關報關單据無法分類或估价的貨物，將采用另一种通關程序，亦稱﹛第一查驗程序﹛﹛采用該程序時，海關的調查評估員將直接通知碼頭對貨物進行檢驗﹛驗貨后，報關單將返回至調查評估員以完成許可証記錄及其它有關手續﹛ 在進口商繳納關稅后，由海關的財會部簽發放行通知﹛