2002年3月，波蘭議會通過了關于海關机构改革法案，自2002年5月起，波蘭海關按照新的組織結构運作，取消了原海關總署，其下屬的10個司局并入波蘭財政部，調整為海關政策司﹛海關監控司﹛海關服務組織司和課稅司4個司﹛ 原有67個地方海關仍然保留，是海關的一級組織机构，負責各地報關﹛通關等具体業務﹛原有的17個直屬海關成為海關的二級机构，直屬海關所做的決定是最終決定，如果對其決定有疑問可以直接向最高行政法院上訴，而不是向財政部負責海關事務的司局上訴﹛

波蘭海關管理体制逐步与歐盟接軌，波蘭入盟后，波蘭海關將成為歐盟海關的一部分，實行歐盟統一海關政策和關稅制度﹛

從1996年7月1日起，根据歐盟和歐洲自由貿易聯盟的慣例，波蘭海關使用聯合海關程序，即只須一個報關單即可完成与周邊21個國家的貨物周轉，加快了清關速度﹛

波蘭海關接受的報關文件是﹛單一管理單据﹛（SAD）﹛

2﹛關稅

波蘭關稅水平逐年下降，2003年平均關稅稅率為2.08%﹛根据波蘭2003年執行的關稅政策，适用于WTO成員國產品的關稅稅率大部在0﹛20%之間﹛其中，礦物原材料稅率0﹛9%；農產品0-160%（大部分為0-25%）；冶金產品0-12%；紡織品﹛服裝9-18%；鞋9-17%；﹛陶瓷玻璃制品9%；電子產品0﹛21％；自行車﹛摩托車9-15%；汽車35%；玩具12%；打火机12%；光學儀器0-18%﹛自歐盟成員國進口的某些產品享受特殊關稅（大部分是零關稅）﹛

﹛﹛根据2000年9月26日波蘭同歐盟簽訂的進口農產品貿易自由化協議，波蘭自歐盟進口的許多農產品關稅降到了零關稅，其數量限制將根据配額關稅范圍內的規定執行，但优先自歐盟進口﹛歐盟自波蘭進口的農產品，將按照有關協議規定逐年增加﹛

波蘭自捷克﹛斯洛伐克﹛匈牙利﹛羅馬尼亞﹛斯洛文尼亞和保加利亞進口的配額商品關稅，將按照中歐自由貿易協定組織規定執行﹛波蘭對從上述國家進口的農產品給予配額關稅优惠﹛

波蘭自以色列進口的配額商品關稅，根据波蘭同以色列簽訂的設立自由貿易區的協議規定執行，征收的關稅低于關稅目錄中的關稅水平﹛