（1）有效保護和便利貿易相結合的原則﹛首先，海關采取的保護知識產權措施應當做到及時﹛有效﹛對海關發現扣留的侵權嫌疑貨物，經調查認定為侵權的，海關應當按照法定程序予以沒收和處置，不應放任其繼續流入商業渠道﹛但是，由于辦理海關手續是國際貿易程序中的一個重要環節，海關在加強保護力度的同時，還要考慮減少對合法貿易的障礙，在便利合法貿易和維護進出口貨物收發貨人的合法權益方面應負的的責任﹛

所以，﹛條例﹛在賦予海關查處進出口侵權貨物行為的權力和職責的同時，也為海關規定了十分嚴格的執法程序；在賦予知識產權權利人請求海關采取知識產權保護措施的權利同時，也從保護進出口貨物收發貨人合法權益的角度規定了知識產權權利人應當遵守的義務和承擔的法律責任﹛

（2）主動保護和被動保護相結合的原則﹛所謂主動保護，是指海關履行國家進出境監督管理机關的職責，對進出口涉嫌侵犯知識產權貨物的行為主動監控發現和依法查處；而被動保護，則指海關根据知識產權權利人提供的确切信息和申請發現侵權嫌疑貨物并依法扣留﹛根据修訂后﹛條例﹛的規定，海關實施主動保護，可以對侵權嫌疑貨物及相關情況進行調查并對收發貨人予以行政處罰；而海關實施被動保護，則只能扣留侵權嫌疑貨物，由權利人依法提交司法机關處理，海關無權對貨物和收發貨人進行查處﹛