第一章﹛總則﹛，規定了海關對知識產權保護的范圍﹛海關可以行使的權力﹛啟動海關保護措施的條件﹛收發貨人向海關申報貨物知識產權狀況的義務和對海關保守商業秘密的要求等﹛

第二章﹛知識產權的備案﹛，包括知識產權海關保護備案的申請書的內容﹛備案的有效期﹛備案的續展﹛變更和注銷備案以及海關總署撤銷備案等﹛

第三章﹛扣留侵權嫌疑貨物的申請及其處理﹛，對知識產權海關保護措施的申請條件﹛海關扣留侵權嫌疑貨物的程序﹛海關扣留貨物的期限﹛海關對侵權嫌疑貨物的調查和認定以及有關費用的負擔等作出了規定﹛

第四章﹛法律責任﹛，對海關沒收侵權貨物和侵權物品﹛知識產權權利人承擔申請不當的法律責任和對海關工作人員玩忽職守等行為的處罰等﹛