實施通關單聯网核查后，出入境檢驗檢疫部門將通關單電子數据傳輸到海關，海關比對通關單內容驗放商品﹛如果系統提示﹛海關未能正常核銷﹛或﹛通關單已過期﹛等异常信息，海關會向企業退單或要求企業改單﹛如果通關手續順利完成，海關將把通關單使用情況反饋質檢總局﹛