据海關總署副署長盛光祖介紹，海關總署將把以下几個方面列為支持海峽西岸經濟區建設的工作重點：

支持拓展閩台經貿合作和直接往來﹛本著﹛先行先試﹛同等优先﹛的原則，積极推動對台小額貿易發展；支持在條件成熟的地方增設對台小額商品交易市場；推動在福建對台天然砂出口方面出台特殊政策；配合福建省積极向國務院建議對從事福建沿海与金門﹛馬祖﹛澎湖地區海上客貨運直航的進口船舶給予适當的稅收減免政策；在廈門－金門航線開展﹛包裹﹛業務的基礎上，支持拓展其他直接往來航線開展﹛包裹﹛業務；支持福州﹛廈門作為客﹛貨運包机的航點，支持福建省沿海具備監管條件的海港口岸成為對台直接往來貨運直航口岸；實施﹛綠色通道﹛和﹛一站式﹛服務制度，為台資企業提供良好的服務；支持福建省對台口岸查驗配套設施建設，并推動在國家資金補助上給予傾斜；對有監管需要但業務量不足以開設口岸的，爭取設立海關監管組或驗貨場﹛

支持海峽西岸擴大口岸開放﹛根据口岸設施的建設進度，按照有關程序辦理福州港口岸羅源灣（含羅源﹛可門）港區﹛牛頭灣作業區﹛泉州港口岸石井作業區對外開放的有關手續；積极推動泉州晉江机場對外開放；支持將沙埕港區﹛三沙港區﹛漳灣作業區并入宁德港口岸，石碼港區并入廈門港口岸；積极研究龍岩連城机場﹛宁德港口岸溪南港區對外開放問題﹛

支持福建省口岸大通關建設﹛海關總署積极支持福州港和廈門港的發展，推進兩地的區港聯動試點，推動湄洲灣南北岸港口的整合，推動福州﹛廈門港早日建成主樞紐港和國際航運樞紐港﹛充分發揮福建港口資源优勢，做大做強福建港口，將﹛屬地申報﹛口岸驗放﹛通關模式，拓展到江西﹛湖南﹛湖北﹛貴州﹛宁夏和粵東﹛浙西南等省（區）﹛推動福州海關﹛廈門海關積极改革創新工作模式，提供通關便利，推進﹛海鐵聯運﹛﹛﹛一次申報﹛一次查驗﹛一次放行﹛等區域通關改革，簡化對台直接往來客運船舶的報關手續，使福建口岸通關效率進入全國先進行列﹛積极支持福建電子口岸建設，實現大通關信息的互聯互通和資源共享﹛

此外，海關總署還提出支持擴大海關特殊監管區域試點﹛嚴厲打擊走私﹛加強統計預警監測﹛研究制訂專項政策扶持福建省原中央蘇區地區發展和在机构﹛編制方面對福州海關﹛廈門海關予以傾斜等﹛

福建表示，要積极為海關執法活動創造良好的環境﹛加大對海關基本建設的資金投入﹛加快監管場所基礎設施建設﹛配合海關加強對海關特殊監管區域的管理﹛加快福建電子口岸建設﹛支持培養現代海關建設管理人才等﹛