新組建的霍爾果斯海關緝私分局隸屬于烏魯木齊海關緝私局，其前身為伊宁海關緝私分局﹛根据海關總署批复，伊宁海關緝私分局于2005年12月25日正式更名為霍爾果斯海關緝私分局，其隸屬關系﹛業務管轄范圍﹛机构級別﹛領導職數和人員編制等保持不變﹛

根据反走私斗爭的需要，經海關總署批准，伊宁海關緝私分局正式更名為霍爾果斯海關緝私分局﹛伊宁海關緝私分局成立6年來，在總關緝私局党組和霍爾果斯海關党組的正确領導下，認真貫徹海關工作方針，堅持政治建警﹛從嚴治警，充分發揮職能作用，顯示了緝私警察刑事﹛行政執法的威力，在反走私斗爭中作出了突出的貢獻﹛