按照新海關法第三章40條﹛第八章41條和第二章45條的規定，當運輸工具和所運輸的貨物在烏克蘭國境通關時，海關﹛其它國家的檢查机构和各种所有制的經營主体要依法協調權﹛新海關法第三章40條規定：在設立海關的地點，當運輸工具和所運輸的貨物通過烏克蘭關境時，海關采用烏克蘭內閣确認的典型的操作系統對公路﹛水路﹛鐵路和航空運輸工具及所運輸貨物進出境實施晝夜監管檢查﹛

上述新辦法和其它一系列特定的海關檢查操作辦法的實施，目的在于對通過烏克蘭關境的所有類型的運輸工具和所運輸的貨物進行海關檢查時，應按照新烏克蘭海關法，采取統一標准的操作程序﹛程序的標准化使海關的檢查准确，檢查內容清晰，全面完善了海關檢查的基本步驟和組織方法﹛

操作程序的制定參考了海關事務方面的國際經驗，并与本國的具体實踐相結合，還考慮到運輸工具的到達和駛离等等問題﹛程序規定運輸工具及所運輸貨物進出烏克蘭國境時，應在設立海關的地點進行邊防檢查和海關檢查﹛檢查包括：對國際公路運輸工具﹛乘客﹛貨物和物品進行邊防檢查和海關檢查；對國際航空運輸要增加安全檢查；對國際海﹛河水路運輸和轉運要對船舶進行航運安全檢查；在各种必要的情況下要進行衛生和檢疫檢查；輻射檢查；生態檢查；烏克蘭文物出境檢查和其它法律規定的各种檢查﹛

為簡化檢查程序經﹛綠色通道﹛過境時，海關和邊檢的工作人員應給予口頭允許，方可通行﹛

對公路﹛水路﹛鐵路和航空運輸工具及所運輸貨物進出境進行海關檢查的程序中，還有一些海關和其它權力部門的制定的權力規范行為﹛

如：對進出國境的公路運輸工具及所運輸的貨物進行海關檢查時規定，應在海關檢查特定區內進行﹛當到達烏克蘭國境時，應首先進行邊防檢查；當駛离烏克蘭國境時，先進行海關檢查﹛

此外還需交驗海關貨物申報單﹛國際公路運單（GMR）或貨運單﹛貨物發票﹛其它証明貨值的單据并使其能夠對相應物品進行區分；貨物明細單﹛海關加施的封記章印和鉛封﹛國際陸運証書（Garnet TIR）等等﹛

如有情況不明或疑似違法情況可要求重驗﹛

對經水路運輸的貨物和運輸工具通關進行海關檢查時有自己特定的程序并按程序要求逐項進行檢查﹛

按照規定，海關檢查將在与國家邊防部門商定的停泊地或港口水域進行，由國家邊防机构﹛海關机构﹛港務局﹛貨物代理机构的代表組成的專門小組實施﹛必要時還有其它檢查机构成員列入小組构成，如對油輪進行海關檢查時消防部門將派員參加小組工作﹛

出境客輪优先接受海關檢查，檢查的基本文件是：總申報單﹛貨物申報單﹛提單﹛水路運單﹛旅客名冊﹛船員個人物品申報單﹛海關申報單（限烏克蘭籍船員）﹛日常用品儲備清單﹛船上現金持款証明﹛麻醉品和武器彈藥持有証書﹛船上收款台外匯現金持款証明和其它烏克蘭法律規定的和國際協議要求的証明文件﹛

在船上如有不允許通關的貨物或物品則將其置于海關監管之下﹛如發現有走私行為或違反海關條例的行為海關將延長船舶滯留期以便進一步檢查﹛船舶和貨物接受海關檢查之后應駛离該區域，因技術或其它原因港口無法工作或在海關檢查時發現有違法行為時除外﹛

航空器海關檢查辦法規定了對通過設有海關的航空器進行海關檢查的步驟﹛對航空器進行海關檢查的特殊要求是在國際航班和所載貨物到達烏克蘭關境時先進行邊防檢查，爾后進行海關檢查；當國際航班和所載貨物駛离烏克蘭關境時先進行海關檢查，爾后進行邊防檢查﹛檢查時需提交的文件是：總申報單﹛儲備物品清單﹛載貨清單﹛貨物和郵件提單以及法律規定的其它隨貨單据﹛

對經烏克蘭關境的過境貨物進行海關檢查，其中包括旅客的行李，需在海關的監管之下轉交國際空港運輸全權代表或承運人，在海關辦結手續并經海關准許后方能裝上机艙﹛經海關和邊檢部門准許旅客方能登机﹛航空器經停或因技術原因停降時，如該航空器不能置于海關監管之下，則應對其進行海關保全﹛

鐵路運輸海關檢查規則确定了海關人員在鐵路運輸工具及所運送貨物通關時對其進行查驗的步驟﹛其特點是，按照規定當列車到達邊界線交接站接受檢查時應向海關人員提交交接文書﹛鐵路運單﹛轉運單据﹛隨貨單据﹛規定的其它法律文件﹛在海關檢查過程中海關和交接站人員查驗鐵路運輸工具的數量和編號﹛鉛封和加施的封記是否完好﹛平車上裝載的貨物有無破損和規定的其它形式的海關檢查﹛